| 名称 | 実 | ph | 所在地 |
| 五稜郭跡 | 1 | 1 | 函館市五稜郭町本通一丁目 |
| 三内丸山遺跡 | 1 | 1 | 青森市大字三内 |
| 中尊寺境内 | 1 | 1 | 西磐井郡平泉町 |
| 無量光院跡 | 1 | 1 | 西磐井郡平泉町 |
| 毛越寺境内 附鎮守社跡 | 1 | 1 | 西磐井郡平泉町 |
| 多賀城跡 附寺跡 | 1 | 1 | 多賀城市市川他 |
| 大湯環状列石 | 1 | 1 | 鹿角市十和田 |
| 旧弘道館 | 1 | 1 | 水戸市三の丸 |
| 常陸国分寺跡 | 1 | 1 | 石岡市府中 |
| 常陸国分尼寺跡 | 1 | 1 | 石岡市若松 |
| 大谷磨崖仏 | 1 | 1 | 宇都宮市大谷町 |
| 日光杉並木街道 附並木寄進碑 | 1 | 1 | 日光市、今市市、鹿沼市 |
| 金井沢碑 | 1 | 1 | 高崎市山名町 |
| 山上碑及び古墳 | 1 | 1 | 高崎市山名町 |
| 多胡碑 | 1 | 1 | 高崎市 |
| 旧浜離宮庭園 | 1 | 1 | 中央区浜離宮庭園 |
| 江戸城跡 | 1 | 1 | 千代田区 |
| 小石川後楽園 | 1 | 1 | 文京区後楽一丁目 |
| 加曽利貝塚 | 1 | 1 | 千葉市若葉区桜木町 |
| 一乗谷朝倉氏遺跡 | 1 | 1 | 福井市城戸ノ内町他 |
| 尖石石器時代遺跡 | 1 | 1 | 茅野市豊平 |
| 遠江国分寺跡 | 1 | 1 | 磐田市見付 |
| 新居関跡 | 1 | 1 | 浜名郡新居町 |
| 登呂遺跡 | 1 | 1 | 静岡市駿河区登呂 |
| 名古屋城跡 | 1 | 1 | 名古屋市中区本丸・二の丸・三の丸 |
| 本居宣長旧宅 同 宅跡 | 1 | 1 | 松阪市殿町（旧宅）松阪市魚町（宅跡） |
| 安土城跡 | 1 | 1 | 蒲生郡安土町、東近江市 |
| 彦根城跡 | 1 | 1 | 彦根市金亀町・尾末町・城町 |
| 慈照寺（銀閣寺）庭園 | 1 | 1 | 京都市左京区銀閣寺町 |
| 鹿苑寺（金閣寺）庭園 | 1 | 1 | 京都市北区金閣寺町 |
| 醍醐寺三宝院庭園 | 1 | 1 | 京都市伏見区醍醐東大路町 |
| 大坂城跡 | 1 | 1 | 大阪市中央区大坂城 |
| 百済寺跡 | 1 | 1 | 枚方市中宮西之町 |
| 姫路城跡 | 1 | 1 | 姫路市本町 |
| キトラ古墳 | 1 | 1 | 高市郡明日香村 |
| 高松塚古墳 | 1 | 1 | 高市郡明日香村 |
| 山田寺跡 | 1 | 1 | 桜井市山田 |
| 石舞台古墳 | 1 | 1 | 高市郡明日香村 |
| 巣山古墳 | 1 | 1 | 北葛城郡広陵町 |
| 藤原宮跡 | 1 | 1 | 橿原市高殿町・醍醐町・縄手町・木之本町 |
| 文殊院西古墳 | 1 | 1 | 桜井市阿部 |
| 平城宮跡 | 1 | 1 | 奈良市佐紀町・二条大路南・法華寺町 |
| 平城京左京三条二坊宮跡庭園 | 1 | 1 | 奈良市三条大路一丁目 |
| 本薬師寺跡 | 1 | 1 | 橿原市城殿町 |
| 岩橋千塚古墳群 | 1 | 1 | 和歌山市岩橋 |
| 斎尾廃寺跡 | 1 | 1 | 東伯郡琴浦町 |
| 旧閑谷学校 附 椿山・石門・津田永忠宅跡及び黄葉亭 | 1 | 1 | 備前市閑谷 |
| 厳島 | 1 | 1 | 廿日市市 |
| 廉塾ならびに菅茶山旧宅 | 1 | 1 | 福山市 |
| 讃岐国分寺跡 | 1 | 1 | 高松市 |
| 王塚古墳 | 1 | 1 | 嘉穂郡桂川町 |
| 水城跡 | 1 | 1 | 太宰府市、大野城市、春日市 |
| 大宰府跡 | 1 | 1 | 太宰府市 |
| 大野城跡 | 1 | 1 | 太宰府市、糟谷郡宇美町、大野城市 |
| 吉野ヶ里遺跡 | 1 | 1 | 神埼市、神埼郡吉野ヶ里町 |
| 名護屋城跡並陣跡 | 1 | 1 | 唐津市鎮西町・呼子町、東松浦郡玄海町 |
| 金田城跡 | 1 | 1 | 対馬市美津島町 |
| 原の辻遺跡 | 1 | 1 | 壱岐市芦辺町・石田町 |
| 熊本城跡 | 1 | 1 | 熊本市本丸 |
| 臼杵磨崖仏 附 日吉塔、嘉応二年在銘五輪塔 承安二年在銘五輪塔 | 1 | 1 | 臼杵市大字前田・深田・中尾 |
| 西都原古墳群 | 1 | 1 | 西都市大字三宅 |
| 基肄（椽）城跡 | 1 | 1 | 筑紫野市、三養基郡基山町 |
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