都道府県「定めず」１４件を除く
| アポイ岳高山植物群落 | × | 北海道 | 様似郡様似町 | |
| 阿寒湖のマリモ | 1 | 北海道 | 釧路市阿寒町 | |
| 昭和新山 | 1 | 1 | 北海道 | 有珠郡壮瞥町 |
| 大雪山 | 1 | 1 | 北海道 | 上川郡上川町・東川町・美瑛町・新得町 |
| 野幌原始林 | 1 | 1 | 北海道 | 北広島市 |
| 小湊のハクチョウおよびその渡来地 | 1 | 1 | 青森県 | 東津軽郡平内町 |
| 夏油温泉の石灰華 | 1 | 1 | 岩手県 | 北上市和賀町 |
| 根反の大珪化木 | 1 | 1 | 岩手県 | 二戸郡一戸町 |
| 焼走り熔岩流 | 1 | 1 | 岩手県 | 岩手郡西根町 |
| 早池峰山および薬師岳の高山帯・森林植物群落 | × | 岩手県 | 花巻市、遠野市附馬牛町、下閉伊郡川井村 | |
| 鬼首の雌釜および雄釜間歇温泉 | - | 宮城県 | 大崎市鳴子温泉鬼首 | |
| 玉川温泉の北投石 | 1 | 1 | 秋田県 | 仙北市 |
| 羽黒山のスギ並木 | 1 | 1 | 山形県 | 鶴岡市 |
| 東根の大ケヤキ | 1 | 1 | 山形県 | 東根市東根 |
| コウシンソウ自生地 | × | 栃木県 | 日光市 | |
| 日光杉並木街道 附並木寄進碑 | 1 | 1 | 栃木県 | 日光市、鹿沼市 |
| 浅間山熔岩樹型 | 1 | 1 | 群馬県 | 吾妻郡嬬恋村 |
| 牛島のフジ | 1 | 1 | 埼玉県 | 春日部市牛島 |
| 御岳の鏡岩 | 1 | 1 | 埼玉県 | 児玉郡神川町 |
| 田島ヶ原サクラソウ自生地 | 1 | 1 | 埼玉県 | さいたま市桜区田島・西堀 |
| 鯛の浦タイ生息地 | 1 | 1 | 千葉県 | 鴨川市 |
| 大島のサクラ株 | 1 | 1 | 東京都 | 大島町泉津 |
| ホタルイカ群遊海面 | 1 | 富山県 | 富山市水橋町 魚津市 | |
| 魚津埋没林 | 1 | 1 | 富山県 | 魚津市釈迦堂 |
| 黒部峡谷 附猿飛並びに奥鐘山 | 1 | 富山県 | 中新川郡立山町、下新川郡宇奈月町 | |
| 薬師岳の圏谷群 | × | 富山県 | 富山市 | |
| 岩間の噴泉塔群 | × | 石川県 | 白山市尾添 | |
| 鳴沢熔岩樹型 | 1 | 1 | 山梨県 | 南都留郡鳴沢村 |
| 上高地 | 1 | 長野県 | 松本市 | |
| 白骨温泉の噴湯丘と球状石灰石 | 1 | 1 | 長野県 | 松本市 |
| 根尾谷の菊花石 | × | 岐阜県 | 本巣市根尾町 | |
| 根尾谷断層 | 1 | 1 | 岐阜県 | 本巣市根尾 |
| 石徹白のスギ | 1 | 1 | 岐阜県 | 郡上市白鳥町 |
| 狩宿の下馬ザクラ | 1 | 1 | 静岡県 | 富士宮市狩宿 |
| 湧玉池 | 1 | 1 | 静岡県 | 富士宮市宮町 |
| 長岡のゲンジボタルおよびその発生地 | 滋賀県 | 米原市長岡 | ||
| 春日山原始林 | 1 | 1 | 奈良県 | 奈良市春日野町 |
| 大山のダイセンキャラボク純林 | × | 鳥取県 | 西伯郡大山町 | |
| 大根島の熔岩隧道 | 1 | 1 | 島根県 | 松江市八束町 |
| 秋吉台 | 1 | 1 | 山口県 | 美祢市 |
| 秋芳洞 | 1 | 1 | 山口県 | 美祢市 |
| 八代のツルおよびその渡来地 | 1 | 1 | 山口県 | 周南市、下松市 |
| 加茂の大クス | 1 | 1 | 徳島県 | 三好郡東みよし町 |
| 宝生院のシンパク | 1 | 1 | 香川県 | 小豆郡土庄町 |
| 八釜の甌穴群 | 1 | 1 | 愛媛県 | 上浮穴郡久万高原町 |
| 高知市のミカドアゲハおよびその生息地 | 1 | 1 | 高知県 | 高知市天神町・筆山町・潮江 |
| 杉の大スギ | 1 | 1 | 高知県 | 長岡郡大豊町 |
| 古処山ツゲ原始林 | × | 福岡県 | 朝倉市江川、嘉麻市 | |
| 立花山クスノキ原始林 | 1 | 1 | 福岡県 | 糟屋郡新宮町・久山町 |
| 相良のアイラトビカズラ | 1 | 1 | 熊本県 | 山鹿市菊鹿町 |
| 青島亜熱帯性植物群落 | 1 | 宮崎県 | 宮崎市青島 | |
| 都井岬ソテツ自生地 | 1 | 宮崎県 | 串間市大字大納 | |
| 内海のヤッコソウ発生地 | − | 宮崎県 | 宮崎市大字内海 | |
| 屋久島スギ原始林 | 1 | 1 | 鹿児島県 | 熊毛郡屋久島町 |
| 蒲生のクス | 1 | 1 | 鹿児島県 | 姶良郡蒲生町 |
| 喜入のリュウキュウコウガイ産地 | 1 | 1 | 鹿児島県 | 鹿児島市喜入生見町 |
| 鹿児島県のソテツ自生地 | 1 | 1 | 鹿児島県 | 指宿市、南さつま市、肝属郡南大隅町・肝付町 |
| 鹿児島県のツルおよびその渡来地 | 1 | 1 | 鹿児島県 | 出水市 |
| 枇榔島亜熱帯性植物群落 | 1 | 1 | 鹿児島県 | 志布志市 |
| 白馬連山高山植物帯 | × | 2県以上 | 下新川郡朝日町、黒部市、北安曇郡白馬村、糸魚川市 | |
| 尾瀬 | 1 | 1 | 2県以上 | 南会津郡檜枝岐村、利根郡片品村、魚沼市 |
| ６１ | 49 | 43 | 61 | |
| 80% | 70% |
×アクセス困難（本格的な登山）のため断念９
−消滅中２