特別史跡（答申中含む）
五稜郭跡
三内丸山遺跡
中尊寺境内
無量光院跡
毛越寺境内 附鎮守社跡
多賀城跡 附寺跡
大湯環状列石
旧弘道館
常陸国分寺跡
常陸国分尼寺跡
大谷磨崖仏
日光杉並木街道 附並木寄進碑（特別天然記念物と重複指定）
金井沢碑
山上碑及び古墳
多胡碑
旧浜離宮庭園（特別名勝と重複指定）
江戸城跡
小石川後楽園（特別名勝と重複指定）
加曽利貝塚
一乗谷朝倉氏遺跡（特別名勝と重複指定）
尖石石器時代遺跡
遠江国分寺跡
新居関跡
登呂遺跡
名古屋城跡
本居宣長旧宅 同宅跡
安土城跡
彦根城跡
慈照寺（銀閣寺）庭園（特別名勝と重複指定）
鹿苑寺（金閣寺）庭園（特別名勝と重複指定）
醍醐寺三宝院庭園（特別名勝と重複指定）
大坂城跡
百済寺跡
姫路城跡
恭仁宮跡（山城国分寺跡）（令和7年１２月１９日答申）
キトラ古墳
高松塚古墳
山田寺跡
石舞台古墳
巣山古墳
藤原宮跡
文殊院西古墳
平城宮跡
平城京左京三条二坊宮跡庭園（特別名勝と重複指定）
本薬師寺跡
岩橋千塚古墳群
斎尾廃寺跡
旧閑谷学校 附椿山・石門・津田永忠宅跡及び黄葉亭
原爆ドーム
厳島（特別名勝と重複指定）
廉塾ならびに菅茶山旧宅
讃岐国分寺跡
福井洞窟
王塚古墳
水城跡
大宰府跡
吉野ヶ里遺跡
名護屋城跡並陣跡
金田城跡
原の辻遺跡
熊本城跡
臼杵磨崖仏 附日吉塔、嘉応二年在銘五輪塔 承安二年在銘五輪塔
西都原古墳群
基肄（椽）城跡
計６５件 実見済み